Вы, в общем-то, сами достаточно полно ответили на свой вопрос: Израиль в Сирии играет довольно активную роль, но не афиширует её. А эта пословица:
и наоборот, на Ближнем Востоке (как, впрочем, и во многих других регионах мира) не работает. Здесь все воюют со всеми. Яркий пример - Турция. Она воюет с ИГИЛ (правда, больше на словах), курды тоже воюют с ИГИЛ, а турецкая авиация бомбит курдов. Казалось бы - абсурд? Ан, нет, всё объяснимо. Турция, хоть и бомбит иногда позиции ИГИЛ, но в то же время втихаря финансирует игиловцев, покупая у них нефть по дешевке. Курдов Эрдоган объявил даже бОльшей опасностью для Турции, чем ИГИЛ, он не хочет дать турецким курдам даже автономию и как огня боится провозглашения курдского государства.
Теперь конкретно о Сирии и Израиле. Израиль никогда не объявлял себя врагом Сирии, но Сирия неоднократно называла Израиль врагом. Там даже слова такого не произносят - "Израиль", а только "сионистское образование". Как только Сирия одержит победу над "повстанцами" и ИГИЛ, она займется уничтожением этого "сионистского образования", об этом говорит Асад.
В то же время, граница Израиля с Сирией - самая спокойная из всех израильских границ, как при Башаре Асаде, так и при его отце Хафезе Асаде. Почему? А потому, что битые. И хорошо битые. Хорошая порка - неплохое стабилизирующее лекарство. Они знают, что израильским танковым частям на Голанах достаточно четырех часов, чтобы быть на окраинах Дамаска. Но в то же время, они знают, что Израилю это не нужно, и если они не сунутся, то Израиль их не тронет. Поэтому грозные слова Асада - не более, чем слова. Просто ему, как любому диктатору, нужен образ врага. Израиль на эту роль хорошо подходит.
Израильская авиация, как Вы правильно сказали, летает над Сирией, как у себя дома. Это необходимо, чтобы знать, что там происходит, не допустить нежелательного развития событий, например, создания ядерного реактора, или попадания в руки террористической организации Хезбалла ракет, которые Россия поставляет Сирии и которыми ранее Хезбалла обстреливала территорию Израиля. После обмена военными делегациями, о которых Вы пишете в комментарии к вопросу, налажен канал взаимодействия российской и израильской авиации и передачи российским ВВС разведывательной информации от израильских беспилотников и спутников.
Другой вопрос, почему это не афишируется. Тут тоже всё понятно. Израиль вынужден оглядываться на США, которые считаются официальным нашим союзником. Это союзничество при последнем президенте США стало приносить всё меньше пользы и всё больше вреда. США преследуют в Сирии свои интересы, которые с интересами Израиля совсем не совпадают.
